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《日本侵华南京大屠杀研究》创刊于2011，是面向国内外公开发行的学术期刊（季刊），主管单位为中共南京市委宣传部，主办单位为侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆、南京出版社有限公司，支持单位为南京大屠杀史与国际和平研究院、南京侵华日军南京大屠杀史研究会。
《日本侵华南京大屠杀研究》的前身是《日本侵华史研究》，自2008年创刊以来，该刊坚持以南京大屠杀史和日本侵华暴行史研究为刊物定位，秉持真实、客观、理性的办刊理念，立足学术前沿，保持专业特色，恪守学术规范，坚持推陈出新，整合海内外研究力量，力争打造的学术交流平台。
《日本侵华南京大屠杀研究》刊物的影响因子和二次文献率逐年上升，已成为南京大屠杀史和日本侵华史研究领域公认的刊物。2017年入选中文社会科学引文索引（CSSCI）来源集刊。鉴于刊物的影响力，中国知网数据库、国家社科期刊数据库、万方期刊数据库、维普期刊数据库均纳入来源期刊，所发表的文章先后被《新华文摘》、《中国社会科学文摘》、《人大报刊复印资料》等中国文摘刊物全文转载了数十篇。
日本侵华南京大屠杀研究杂志栏目设置特约论文、南京大屠杀研究、“慰安妇”问题研究、日本侵华研究、和平学研究、图书评论等栏目。
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