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《福建医科大学学报》为医药卫生综合性学术期刊，主要刊登基础医学，临床医学，预防医学等方面的论文，病理（例）讨论，病案报告，新技术与方法，新仪器与药品，文献综述，专题讲座，学术讨论与动态等。主要栏目：论著、临床研究、技术与方法、综述、讲座、临床病理讨论、实验研究、个案报道。
《福建医科大学学报》1989年福建省高校学报自然科学学报编辑质量评比二等奖；1992年福建省首届科技期刊评比二等奖；1993年华东地区期刊评比二等奖；1995年福建省高校自然科学学报系统学报评比二等奖；1995年全国高校自然科学学报系统学报评比三等奖；1996年福建省第二届科技期刊评比二等奖；1999年福建省高校自然科学学报系统学报评比一等奖；2004-2006年被国家科技部收录为"中国科技论文统计源期刊"（中国科技核心期刊）；2004年全国高校科技期刊评比二等奖。
福建医科大学学报杂志栏目设置论著、临床研究 、技术与方法、综述、讲座、临床病理讨论、实验研究、个案报道
