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《农业环境科学学报》曾用名为《农业环境保护》，创刊于1981，于2003年改为现刊名。是由农业部主管,农业部环境保护科研监测所和中国农业生态环境保护协会联合主办的全国性学术类科技期刊，该刊是国内惟一报道农业环境学科领域新研究及其进展的学术期刊，其指导思想是充分发挥它在国内农业环境科学领域的导向性、性和科学性，逐步扩大期刊在国外的影响力。获奖情况：全国中文核心期刊；列于被引频比高的中国科技期刊500名之内。
《农业环境科学学报》主要刊登农业生态环境科学领域内具有创新性的研究成果，包括新理论、新技术和新方法。报道领域包括农业污染控制与治理、生态农业、环境修复技术与原理、环境毒理与风险评价、环境监测与评价、废弃物综合利用等。近年来，随着我国农业环境科学事业的蓬勃发展，刊物也取得了长足的进步，无论是在科技期刊领域，还是在农业环境科学研究领域，都得到了专家的高度评价和赞赏。
农业环境科学学报杂志栏目设置专论与综述、污染生态、土壤环境、水体环境、畜禽环境、水产环境、废弃物处理及资源化利用、碳氮循环、面源污染、分析方法、环境影响评价等
