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2002年11月8日， 《分子植物育种》由国家科技部批准，国家新闻出版署核准。
2003年正式创刊，是由海南省科学技术协会主管，海南省生物工程协会主办，公开发行的双月刊科学期刊。
2015年正式改为月刊，每月28日公开发行。
2018年正式改为半月刊，每月14日和28日公开发行。
2019年，方宣钧博士任本刊主编。
《分子植物育种》(ISSN1672-416X，CN46-1068/S)是由国家科技部批准，国家新闻出版署核准的刊物，由海南省科学技术协会主管，海南省生物工程协会主办，公开发行的半月刊科学期刊。《分子植物育种》由海南省热带农业资源研究所所长方宣钧博士任主编，北京大学朱玉贤院士和福建农林大学吴为人博士任执行主编。
她“立足国内，面向国际”，是一份为转基因育种、分子标记辅助育种及常规育种服务的国际化科学杂志。围绕水稻、小麦、玉米、油菜、大豆、棉麻、薯类、果树、蔬菜、花卉、茶叶、林业和草木等，刊登分子遗传育种理论、分子育种方法、分子育种研究动态以及优良种质培育等方面的科学论文报道。本刊按国际标准编排，题目摘要、图表和引用文献等均实行中英文对照。
